从目前来看，常见的盈利模式包括四种：办公空间的长短期租赁;使用会议室、IT维修服务等的增值服务收费;媒体、IT等方面的高级服务收费;会员入会及相关费用。
郝纯曾是创始团队中的一员，离开公司时就想过成立孵化器，但经过一段时间的观察，他发现这件事并不容易：首先运营成本很难收回，其次管理创业公司需要耗费大量精力。“有时还会落入两难的境地，创业公司往往没有太多钱，从他们身上盈利并不现实;如果占股权，变现也要等待很长时间，而这样就变成了投资机构。”
此外，与孵化相比，投资显然需要更多的资源和资历，以及对行业的理解和预判，可对于大部分孵化器来说，由于缺乏经验和人才，想实现这一点并不容易。另外，一旦缺乏好的投资项目或者投资失败，孵化器就会面临亏损困境。
当然，并非所有孵化器都面临上述的生存困境。从分类上来看，目前中国较成熟的孵化器主要包括以下四类代表经营模式：
第一种：是企业平台型，例如腾讯、百度、微软等互联网公司旗下的孵化器，这类孵化器往往具有雄厚的资金实力和市场资源;
第二种：是“天使+孵化”型，这类型孵化器更类似于YC的模式，由民间资本或教育类机构主导，项目入驻后会对部分企业进行天使投资，通过后续退出来盈利;
第三种：是开放空间，即提供较低租金办公场所为主，定期组织沙龙或讲座，不会直接投资;
第四种：垂直产业型，通常来说这类孵化器更具专业性，针对某一产品进行定向孵化，主要由政府或产业协会主导。
郝纯表示，独立的孵化器是很难生存，目前做得好的微软加速器、36Kr的氪空间、腾讯众创空间，背后都有一个大型体系(公司或政府)来支持。孵化器众多，能够争取到优质的创业公司并不是那么容易，其中专业更集中的孵化器竞争力才会更强。与此同时，随着创业泡沫的破灭，在急功近利状态下成长起来的孵化器也是时候回归理性了。
